TIP4P2005f-N500.top: Difference between revisions

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[ defaults ]
  [ defaults ]
; nbfunc comb-rule gen-pairs fudgeLJ fudgeQQ
  ; nbfunc comb-rule gen-pairs fudgeLJ fudgeQQ
   1 2 no 1.0 1.0
   1 2 no 1.0 1.0
 
 
[atomtypes]
  [atomtypes]
;name    mass      charge  ptype    sigma        epsilon
  ;name    mass      charge  ptype    sigma        epsilon
IW    0            0.000      D  0.0          0.0
  IW    0            0.000      D  0.0          0.0
OWT4  15.99940      0.000      A  0.31644      0.77490
  OWT4  15.99940      0.000      A  0.31644      0.77490
HW    1.00800      0.000      A  0.00000E+00  0.00000E+00
  HW    1.00800      0.000      A  0.00000E+00  0.00000E+00
 
 
 
 
[moleculetype]
  [moleculetype]
; name nrexcl
  ; name nrexcl
water  1
  water  1
 
 
[atoms]
  [atoms]
; nr type resnr residu atom cgnr charge
  ; nr type resnr residu atom cgnr charge
1    OWT4 1    water  OW1  1    0        15.9994  
  1    OWT4 1    water  OW1  1    0        15.9994  
2    HW  1    water  HW2  1    0.5564    1.008
  2    HW  1    water  HW2  1    0.5564    1.008
3    HW  1    water  HW3  1    0.5564    1.008
  3    HW  1    water  HW3  1    0.5564    1.008
4    IW  1    water  MW4  1    -1.1128    0.0
  4    IW  1    water  MW4  1    -1.1128    0.0
 
 
[ bonds ]
  [ bonds ]
; i    j      funct  length      Dr      beta
  ; i    j      funct  length      Dr      beta
1      2      3      0.09419  432.580584  22.87
  1      2      3      0.09419  432.580584  22.87
1      3      3      0.09419  432.580584  22.87
  1      3      3      0.09419  432.580584  22.87
[ angles ]
  [ angles ]
; i    j      k      funct  angle  force.c.
  ; i    j      k      funct  angle  force.c.
2      1      3      1      107.4  367.810
  2      1      3      1      107.4  367.810  
 
 
[exclusions]
  [exclusions]
1      2      3      4
  1      2      3      4
2      1      2      4
  2      1      2      4
3      1      2      4
  3      1      2      4
4      1      2      3
  4      1      2      3
 
 
 
 
; The position of the dummy is computed as follows:
  ; The position of the dummy is computed as follows:
;
  ;
; O
  ; O
;      
  ;        
;     D
  ;     D
;    
  ;    
; H H
  ; H H
;
  ;
; const = distance (OD) / [ cos (angle(DOH)) * distance (OH) ]
  ; const = distance (OD) / [ cos (angle(DOH)) * distance (OH) ]
;   0.01546 nm / [ cos (52.26 deg) * 0.09572 nm ]
  ;   0.01546 nm / [ cos (52.26 deg) * 0.09572 nm ]
 
 
; Dummy pos x4 = x1 + a*(x2-x1) + b*(x3-x1)
  ; Dummy pos x4 = x1 + a*(x2-x1) + b*(x3-x1)
 
 
 
 
[dummies3]
  [dummies3]
; Dummy from funct a b
  ; Dummy from funct a b
4      1      2      3      1      0.13193828      0.13193828  
  4      1      2      3      1      0.13193828      0.13193828  
 
 
 
 
[system]
  [system]
water TIP4P/2005f
  water TIP4P/2005f
 
 
[molecules]
  [molecules]
water 500
  water 500

Latest revision as of 16:40, 28 November 2017

 [ defaults ]
 ; nbfunc	comb-rule	gen-pairs	fudgeLJ	fudgeQQ
 1		2		no		1.0	1.0
 
 [atomtypes]
 ;name     mass      charge   ptype    sigma        epsilon
 IW     0             0.000       D   0.0           0.0
 OWT4   15.99940       0.000       A   0.31644       0.77490
 HW     1.00800       0.000       A   0.00000E+00   0.00000E+00
 
 
 [moleculetype]
 ; name nrexcl
 water  1
 
 [atoms]
 ; nr type resnr residu atom cgnr charge
 1     OWT4 1     water  OW1  1     0         15.9994 
 2     HW   1     water  HW2  1     0.5564    1.008
 3     HW   1     water  HW3  1     0.5564    1.008
 4     IW   1     water  MW4  1    -1.1128    0.0
 
 [ bonds ]
 ; i     j       funct   length       Dr      beta
 1       2       3       0.09419  432.580584  22.87
 1       3       3       0.09419  432.580584  22.87
 [ angles ]
 ; i     j       k       funct   angle   force.c.
 2       1       3       1       107.4   367.810 
 
 [exclusions]
 1       2       3       4
 2       1       2       4
 3       1       2       4
 4       1       2       3
 
 
 ; The position of the dummy is computed as follows:
 ;
 ;		O
 ;   	      
 ;	    	D
 ;	  
 ;	H		H
 ;
 ; const = distance (OD) / [ cos (angle(DOH)) 	* distance (OH) ]
 ;	  0.01546 nm	/ [ cos (52.26 deg)	* 0.09572 nm	]
 
 ; Dummy pos x4 = x1 + a*(x2-x1) + b*(x3-x1)
 
 
 [dummies3]
 ; Dummy from			funct	a		b
 4       1       2       3       1       0.13193828      0.13193828 
 
 
 [system]
 water TIP4P/2005f
 
 [molecules]
 water 500